Proses penghitungan suara hasil pilkada serta referendum yang dilaksanakan pada tanggal 24 November 2018, berlangsung hingga pukul 03:02 dini hari. Pertarungan sengit terjadi pada perebutan kursi walikota Taipei antara Ko Wen-je dan Ting Shou-chung, yang pada akhirnya berhasil dimenangkan oleh Ko Wen-je dengan selisih hanya sebesar 3.254 suara. Menanggapi selisih perolehan suara itu, calon kepala daerah dari Partai Kuomintang menyatakan menolak hasil pilkada dan telah mengajukan permintaan penghitungan ulang.
Partai Democratic Progressive Party (DPP) yang pada pilkada sebelumnya berhasil menguasai 13 kursi kepala daerah, kini harus bertahan dengan 6 kursi gubernur dan walikota, sedangkan partai oposisi Kuomintang (KMT) yang sebelumnya hanya memiliki 6 kursi, berhasil memenangkan 15 kursi kepala daerah. Selain itu, posisi kepala daerah dari jalur perseorangan (independen) turun dari 3 kursi menjadi 1 kursi.
Menurut analisis daerah perolehan suara, mayoritas masyarakat Kota Taipei bagian utara memilih Ko Wen-je, sedangkan masyarakat bagian selatan memilih Ting Shou-chung. Di Kota New Taipei, KMT berhasil meraup sebagian besar suara, DPP hanya memimpin perolehan suara di distrik Luzhou, Sanchong, Shiding, Pinglin, dan Gongliao. Kandidat walikota Taoyuan dari DPP, Cheng Wen-tsan, kembali menjabat sebagai orang nomor satu di Taoyuan setelah memenangkan suara di seluruh distrik dan mengalahkan kandidat dari KMT, Chen Hsueh-sheng. Sedangkan di Kota Taichung, kandidat KMT, Lu Shiow-yen, berhasil merebut hati masyarakat Taichung dengan propaganda pemberantasan polusi, dan mengalahkan walikota petahana dari DPP, Lin Chia-lung.
Di Kota Tainan, kandidat DPP Huang Wei-cher merebut sebagian besar suara di semua distrik dan mengalahkan kandidat KMT, Kao Su-po. Namun di Kaohsiung, KMT yang dalam pilkada 2014 hanya berhasil unggul di 3 distrik saja, tahun ini berhasil merebut suara di beberapa distrik lain seperti Fengshan, Qishan, dan Gangshan.
Dari analisis jumlah suara yang masuk, dalam pilkada kali ini KMT berhasil meraih 6,1 juta suara, dan DPP 4,89 juta suara, sedangkan calon perseorangan dan partai politik lainnya meraih 93 ribu suara. Dalam pemilihan presiden dan pemilihan kepala daerah yang dilaksanakan sejak tahun 2000, baik DPP maupun KMT mengalami perolehan suara naik turun. Fenomena ini memperlihatkan aspirasi masyarakat Taiwan yang tidak menginginkan sebuah partai politik untuk berkuasa mutlak.
Dari segi perolehan kursi anggota dewan perwakilan rakyat daerah, dibandingkan dengan pemilihan tahun 2014, tahun ini DPP kehilangan 70 kursi, KMT menambah 20 kursi, dan anggota dewan perwakilan daerah independen bertambah 42 kursi. New Power Party (NPP) yang baru berdiri pada tahun 2015, berhasil merebut 16 kursi dalam pilkada tahun ini, sedangkan anggota independen bertambah 1 kursi.
Di samping itu, 7 orang kepala daerah perempuan berhasil terpilih tahun ini, yaitu Kota Taichung (Lu Shio-yen), Kabupaten Yunlin (Chang Li-shan), Kabupaten Yilan (Lin Zi-miao), Kabupaten Taitung (Yao Ching-ling), Kabupaten Hualien (Hsu Chen-wei), Kota Chiayi (Huang Min-hui), dan Kabupaten Changhua (Wang Huei-mei).
Dalam pilkada tahun 2014, dari 22 kursi kepala daerah, hanya ada 2 kursi yang ditempati oleh pemimpin perempuan, yaitu walikota Kaohsiung, Chen Chu, dan bupati Kabupaten Chiayi, Chang Hua-kuan.